海洋环境
海岸环境中有着各种各样的生物，在这里常见海洋无脊椎动物的化石非常充沛 。古生代海洋的岩石里，经常见到腕足动物、三叶虫的残躯、海百合、苔藓虫，有时会有腹足类、双壳类、头足动物（鹦鹉螺目软体动物） 。中生代砂岩中存在双壳类、腹足类、头足动物、海百合、腕足动物 。新生代砂岩中则存在许多不同种类的腹足类、双壳类，棘皮动物（海星，海胆）残躯、蟹类 。
化石燃料
在形成化石的过程中，植物残骸大多碳化了 。随着地壳内部压强和温度的攀升，它们逐渐变化，从最初的泥炭，经过褐煤，最终变为煤炭 。在此过程中同时也会释放出气体，在特定的地质学条件下可能会聚集下来，尽管在整个19和20世纪经历了高密度开采，燃煤和燃气至今仍是地球化石燃料的主要储备 。
植物矿化
部分木本植物的组织可能会因岩化（变为坚硬的岩石）衍生出多种样子，并被各种矿物所替代，诸如碳酸钙、黄铁、蛋白石或燧石 。令人惊奇的是，这些矿化方式可以保存数百万年前就灭绝的植物细胞结构相当详尽的信息 。
掩埋
想要形成化石，可留存的生物残骸必须掩埋在沉积物中 。大多海洋中的化石形成都发生在大陆边缘附近浅海大陆架的沉积物中 。陆地易遭受风化和侵蚀，因此化石及沉积物的保存取决于在何种环境沉积，是在内海，还是湖泊盆地，是在崛起山脉的两翼，还是如裂谷一般满是断层的盆状洼地 。这些环境称为岩性圈闭，其累积的沉积物是如此之多，以至于即使后来地壳隆起发生侵蚀，某些埋有化石的地层仍完好如初 。
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