不过《Operation C》的故事背景有两个版本：1.在世界某处的一个不知名的国家，为了研发大规模杀伤性武器，提取了残骸中天王鬼的细胞，妄想通过研发这些细胞打造出全新的军事力量 。于是在在GBC平台的《魂斗罗》中出现了一个叫“黑蛇”的军事组织，专门研究和开发天王鬼的细胞 。而黑蛇就是出自天王鬼的细胞精炼，进化而成的最终形态 。
密封罐中的“黑蛇”2.另一个版本的剧情：黑蛇是天王鬼的妹妹，她感应到天王鬼的信息中断，知道它已经被消灭，于是带着满腔的怒火占领了一个国家，并将这个国家发展成为地下基地，准备反扑人类 。整个国家的人类全都变成了黑蛇的营养品，帮助它尽快进化成完全体 。在玩家打败黑蛇之后，就会进入她的体内进行战斗 。而在这里，玩家见到了久违的天王鬼 。
这家伙不死已经死透了吗？怎么还能以这种形式生存在黑蛇体内？看来当年的黑蛇的确是由天王鬼的细胞进化而成的，因此天王鬼能够在她的体内得到重生 。《真魂斗罗》这个版本揭开了《魂斗罗》整个系列的真相 。为什么外星人要入侵地球？并不是为了掠夺地球的资源，而是为了寻回被地球人夺走的“文明” 。公元2642年，一个正在建设的超级电磁武器网络发生故障并且爆炸，造成了全球性的毁灭性事故，80%的地球人口丧生 。
这次事故明显是被人为安排的，但是大量调查的结果却显示是比尔所为，他甚至丧心病狂的杀死了自己的战友兰斯，之后比尔被判了1万年的冷冻刑五年后，地球出现了一个叫“红隼”的恐怖组织，他们正试图推翻当前执政的政府(三个老头控制的联盟)“红隼”，看这个名字正是当年被比尔和兰斯消灭的组织 。于是比尔被提前释放，并和新搭档露西娅被赋予新的恐怖组织作战的任务，消灭“红隼” 。
最终比尔和露西娅成功杀入“红隼”总部，比尔在这里竟然遇到了死亡多年的老搭档兰斯，而且他就是红隼的首脑 。在激战之后，兰斯被打败了 。在弥留之际，他将整个事件的始末全盘脱出 。当年的导致人类几乎毁灭的爆炸根本就是联盟首脑一手造成的，事情败露之后杀死了兰斯并嫁祸给了比尔 。知道真相的兰斯为了保留生机，最终选择了和外星基因融合，得到了重生 。
原来当年人类在木星轨道上发现了一座遗迹，那就是外星文明的发源地，人类发现外星文明已经超越了人类几个维度，于是想办法在其中偷走了一个重要文物 。之后，外星人发现丢失的文物在地球上，于是发动了大规模的入侵 。这就是《魂斗罗1》《魂斗罗2》《魂斗罗3》《魂斗罗4》中的剧情，它们并不是入侵，仅仅是想要寻回失落的文明 。
【玛雅神殿boss是什么,怒火一刀玛雅神殿怎么走】偷走“外星文物”的幕后操控者正是联盟的首脑，也就是那三个老头 。他们依靠外星高级文明已经生存了上千年，并拥有了超越人类的智慧 。三个老头经过多年的分析，已经将文物的特殊属性完全掌握了，并成功将自己打造成为人类的神灵 。然而，也不知道这个“文物”那个环节出了问题，竟然有了自我意识，并反噬了三个老头的控制成为拥有独立思想的怪物，这就是真魂斗罗最终的BOSS 。
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