但有时杂交对基因库来说，并不是好事，特别是对于一些珍稀品种 。有报道称纯种的中华田园犬已经消失，其后代大多是杂合子 。对科研工作来说，如果要研究中华田园犬的历史特性，可能就会十分困难 。而对于一些濒危动物来说，如何延续物种也是任务艰巨，如果跟其他亚种交配，可能会污染本物种的基因，但却能增加种群数量 。所以如何抉择也是一件需要多方面考虑的事情 。
那么纯种繁殖有什么危害呢？其实狗狗的品种并不是生物学分类的“种” 。其实狗狗与狼还是算同一物种，因为不存在生殖隔离 。而狗狗的品种只是有稳定表型的一类狗狗而已 。而这类狗狗的基因会高度相似，也就是说如果要培育纯种狗狗，必然是基因差异越来越小，换句话说越来越靠近近亲繁殖 。近亲繁殖的危害除了增加遗传病的风险，其抗病能力、环境适应能力也会大大下降 。
人类的血友病就是近亲繁殖导致的，而狗狗同样也有哦 。另外，进行性视杆视锥变性，骨关节发育不良，二尖瓣闭锁不全，磷酸果糖激酶缺陷（肌肉无力）等等，都是常见的纯种狗狗遗传病 。还有一些发育畸形的疾病 。听起来好像很远，但其实离我们狗狗很近 。近年因为中国宠物犬育种市场的不规范，已经有越来越多的贵宾和拉布拉多、金毛狗狗有髋关节发育不全、髌骨习惯性脱臼的骨关节遗传问题 。
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