文革时期（1966年～1976年）
1966年文革爆发，福州大学的正常教学和科研秩序受到了极大的破坏 。时任福州大学书记的张孤梅被开除党籍（于1969年01月05日含冤病逝） 。卢嘉锡副校长亦被隔离劳动，遭受迫害 。
在此期间，学校曾经一度停止招生 。直至1970年才恢复招生，后因福建师范学院和华侨大学停办，福州大学又增设教育系（1973年福建师范学院复办又回归该校）和土建系（后又有部分回归华侨大学） 。
改革开放时期（1978年至今）
文革结束之后，通过拨乱反正，调整教学制度，学校各向工作取得了重大进展 。特别是改革开放之后，福州大学师生员工精神焕发，解放思想，狠抓教学与科研，成绩显着 。成为国家“211”工程重点大学之后，学校的面貌发生了翻天覆地的变化，在国内已经具有了一定影响，为学校创办国内一流工科强校的奋斗目标奠定了牢固的基础 。
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