另据一些史书记载，其实在爆炸发生之前，便出现了一些离奇的征兆 。如《东林始末》记载，五月初二夜间，前门楼角出现有几百团飘忽不定的火焰，不一会儿，这些火焰合并成一车轮大的一团 。另据《天变杂记》记载，后宰门有一火神庙在六日早晨传出奇怪的音乐声，一会儿声粗，一会儿声细 。看门的刚要进去查看，忽然有个大火球一样的东西腾空而起，不一会，东城便发出震天爆炸声 。这火焰和火球与大爆炸究竟有何关系？
对于王恭厂特大爆炸事件，300多年来历史学家和科学家一直在研究和探讨，但一直没有定论 。比较多的人认为，是当时位于爆炸中心的一座手工军火工场——王恭厂内火药爆炸所致，所以此次灾难又称“王恭厂奇灾” 。但据爆炸专家估算，根据史料中记载的情况，奇灾相当于3万吨黑色火药爆炸的能量，然而王恭厂内贮存的火药最多不超过几百吨，根本形成不了如此大的冲击力 。
【世界三大自然之谜：王恭厂大爆炸的真正原因？】
有人根据当时出现了“飓风一道，内有火光”，“西安门一带皆霏落铁渣，如麸如米者，移时方止”，以及呈方向性的冲击波、陨击坑等记载，认为此次灾难可能系陨星坠落造成的 。但是爆炸后，在现场并没有发现任何陨石 。地震学专家则认为，此次灾难是地震所致 。还有人则提出是隐火山热核强爆，更有甚者认为是外星人入侵、UFO降临等 。
但任何一种观点，都没有足够的说服力 。有专家则对十几种被认为有可能的爆炸原因进行分析，并结合灾变过程、破坏范围等史料记载，认为此次事件是自然灾害为主导，火药爆炸推波助澜 。但究竟是什么天灾？是一种天灾还是几种天灾共同作用的结果？仍没有足够的论据来加以论证 。
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