首先，气害熏苗会导致蔬菜死棵 。嫁接茄子多为一大茬种植，生长周期长，因而施足底肥是菜农夺取茄子高产高效的重要法宝，1亩大棚常常施用鸡粪30方左右 。大量鸡粪未经充分腐熟直接施入大棚，为气害发生埋下了危险的种子，再加上定植后操作管理不当，使得气害的发生成为必然 。尤其是大水漫灌后遇到阴天通风不良时，鸡粪在土壤中迅速发酵，产生大量有害气体，特别是氨气，烧伤叶片、根系的生长点，造成移栽苗死亡 。
其次，病害发生也会导致蔬菜死棵 。病害造成的死棵多由砧木茎基部坏死所致 。棚室病原菌的大量存在，再加上嫁接茄子定植后高温高湿的环境，为细菌性软腐病、疫霉菌根腐病和茎基腐病的发生创造了有利条件 。
细菌性软腐病的典型症状是表皮腐烂，有菌脓溢出，并伴有腥臭味；疫霉根腐病的典型症状是发病初期茎基部呈水烫状，后腐烂、变黑、缢缩、死苗；茎基腐病的典型症状是发病初期在茎基部的一侧出现凹陷的黑褐色小斑点，随着病情发展病斑连成片，形成梭形或长条形病斑，病斑绕茎一周后导致死苗 。
细菌性软腐病可用50%DT500倍液喷淋、灌根进行防治；疫霉根腐病可用72.2%普力克600倍液或安克1000倍液等喷淋、灌根进行防治；茎基腐病可用20%甲基立枯磷1000倍液喷淋、灌根进行防治 。
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