当用户以关键词查找信息时，搜索引擎会在数据库中进行搜寻，如果找到与用户要求内容相符的网站，便采用特殊的算法——通常根据网页中关键词的匹配程度，出现的位置/频次，链接质量等——计算出各网页的相关度及排名等级，然后根据关联度高低，按顺序将这些网页链接返回给用户 。
■ 目录索引
与全文搜索引擎相比，目录索引有许多不同之处 。
首先，搜索引擎属于自动网站检索，而目录索引则完全依赖手工操作 。用户提交网站后，目录编辑人员会亲自浏览你的网站，然后根据一套自定的评判标准甚至编辑人员的主观印象，决定是否接纳你的网站 。
其次，搜索引擎收录网站时，只要网站本身没有违反有关的规则，一般都能登录成功 。而目录索引对网站的要求则高得多，有时即使登录多次也不一定成功 。尤其象Yahoo!这样的超级索引，登录更是困难 。
此外，在登录搜索引擎时，我们一般不用考虑网站的分类问题，而登录目录索引时则必须将网站放在一个最合适的目录（Directory） 。
最后，搜索引擎中各网站的有关信息都是从用户网页中自动提取的，所以用户的角度看，我们拥有更多的自主权；而目录索引则要求必须手工另外填写网站信息，而且还有各种各样的限制 。更有甚者，如果工作人员认为你提交网站的目录、网站信息不合适，他可以随时对其进行调整，当然事先是不会和你商量的 。
目录索引，顾名思义就是将网站分门别类地存放在相应的目录中，因此用户在查询信息时，可选择关键词搜索，也可按分类目录逐层查找 。如以关键词搜索，返回的结果跟搜索引擎一样，也是根据信息关联程度排列网站，只不过其中人为因素要多一些 。如果按分层目录查找，某一目录中网站的排名则是由标题字母的先后顺序决定（也有例外） 。
目前，搜索引擎与目录索引有相互融合渗透的趋势 。原来一些纯粹的全文搜索引擎现在也提供目录搜索，如Google就借用Open Directory目录提供分类查询 。而象 Yahoo! 这些老牌目录索引则通过与Google等搜索引擎合作扩大搜索范围（注） 。在默认搜索模式下，一些目录类搜索引擎首先返回的是自己目录中匹配的网站，如国内搜狐、新浪、网易等；而另外一些则默认的是网页搜索，如Yahoo 。
（注）：Yahoo已于2004年2月正式推出自己的全文搜索引擎，并结束了与Google的合作 。
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