相比而言，VMware Server没有采用VMFS，它的性能只能取决于主机OS，如Windows或Linux的文件系统，但其虚拟机文件却可以烧录在DVD或存储于USB设备中，方便地在各电脑间传输，我们甚至可以把它理解成一个拥有许多文件的标准文件夹 。
除了文件格式带来的迁移和传输的困难，ESX Server还面临着驱动的问题 。比如说VMware没有给ESX Server装载本地SATA接口的硬盘，所以ESX Server的用户不得不考虑本地SCSI接口硬盘，或者远程的存储设备，像NAS、SAN之类 。
驱动的短缺不仅会影响某个硬件设备的使用，还会影响到整个系统的运行 。VMware出于战略上的考虑，只是对市场上一部分硬件提供了官方驱动支持 。所以说，不是所有数据中心的硬件都能运行ESX Server 。相反，Server依附于底层的OS，而这些OS一般都提供了丰富的驱动，大大扩展了Server的使用范围 。像OS支持的远程iSCSI硬盘连接、本地磁带备份单元等，都能被Server虚拟机所支持 。
应用软件的可用性和支持度也是两者差别的一个方面 。ESX上除了一些固有的有限的服务程序和工具外，用户自行安装新的软件一般会由于缺乏必要的库文件而无法运行 。可想而知，解决这个问题对于一般用户来说简直就是天方夜谭 。
这样设计的确降低了安装不明软件带来的风险，但与此增加的是用户无法自主的烦恼，VMware也没有提供任何的辅助工具来帮助解决问题 。Server由于底层OS的支持，一如既往地保持着良好的可用性，用户可以自行在上面安装磁盘碎片整理工具、备份工具、性能监控器、远程管理等 。
安全性：两种模式，各取所需
安全性是两个产品不同的另一个重要方面 。ESX Server具有虚拟设备的所有特点：自封装的专用系统、针对性能进行的优化、最小的攻击界面，还有预设置的应用程序（比如防火墙、防毒软件） 。ESX Server内部只有一些必要的管理工具，厂商并不支持用户自行安装任何可能带来安全漏洞的软件 。
从有利的角度来说，ESX Server这种虚拟设备的方案简化了系统维护的手续，净化了系统的安全，同时管理者无需再关注系统补丁的发布 。只要有新的漏洞出现，用户只需等待VMware提供最新的系统替换文件 。以上措施直接的好处就是降低了TCO（total cost of ownership） 。
然而，在用双刃剑一面杀敌的同时，也有可能被朝向自己的另一面剑刃所伤 。在ESX Server中，由VMware给我们补漏洞是一件省心的事情，但如果VMware延迟了发布时间呢？我们有漏洞的系统岂不是暴露在各种网络攻击之下，这是件很让人不安的事情 。
前面还有提到的就是ESX Server的黑箱封闭系统不容许用户进行操作，也就是说用户对系统没有完全的控制权，对于某些公司来说是不可接受的 。他们可以选用完全可操控的Server，然而这一个优点站在另一个角度又成了缺点：这意味着需要有大量的专业知识，知道该如何去巩固、健全和保卫这个系统，其中重要、也是最花时间的工作就是不断寻找、测试、发现和修补系统的漏洞，如果你不想被恶意入侵的话 。
你每天要关注最新的安全公告，下载安全补丁，然后安装完毕 。但这并没有结束，我们知道，安全漏洞补丁虽然补上了系统漏洞，但有时却会影响到整个系统的稳定性 。评估升级后的系统是否比升级前了的更可靠，这又是一个重点 。
当然了，不是说采用了Server类似系统的公司就必须要成立一个专门的研究实验室，得有昂贵的检测仪器，还有QA小组专门负责此事 。不过总得付出一定的代价请得一些专门的技术人员来管理系统，毕竟这是关系企业安全的大事 。
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