复合杂交：两个以上的品种，经两次以上杂交的育种方法 。如果单交不能实现育种所期待的性状要求时，往往就采用复合杂交，其目的在于创造一些具有丰富遗传基础的杂种原始群体，才可能从中选出更优秀的个体 。
复合杂交可分为三交、双交等 。三交是一个单交种与另一品种的再杂交，可以表示为（x×y）×y 。例如，（荷包红鲤×元江鲤）×散鳞镜鲤＝三交鲤；双交是两个不同的单交种的杂交，可表示为（a×b）×（c×d）或（a×c）×（b×c） 。例如，（角罗非×尼罗非鱼）×（莫桑比克非鱼×尼罗非鱼） 。
回交：杂交后代继续与其亲本之一再杂交，以加强杂种世代某一亲本性状的育种方法 。当育种目的是企图某一群体B的一个或几个经济性状引入另一群体A种群，则可采用回交育种 。如鲮鱼具有许多优良性状，但不能耐受低温，需要进行遗传改良 。可以用耐受低温的湘华鲮进行多次回交，对回交子代选择的注意力必须集中在抗寒性这个目标性状上，从而最终育成一个具有抗寒性优良的鲮鱼新品种 。
杂交操作程序和方法
杂交前的准备工作：首先要熟悉各种鱼类的生殖习性 。一方面要了解鱼类自身与生殖有关的性成熟季节、生殖季节、卵子性质、性周期、产卵期对卵和后代的保护等习性；另一方面要了解鱼类在生殖期对外界条件的要求，如水温、光照、流速、水体溶氧量、产卵场的底质、鱼巢、饲料等 。其次要调控亲本性成熟年龄，通过分期饲养，创造不同的外界条件等手段，务必使未杂交的亲本在生殖季节相遇 。
选择适当的受精方法进行杂交：杂交前期在临近性成熟和生殖季节到来之时，一定要将雌、雄两种鱼分池饲养，避免自群交配 。受精方法则根据具体情况确定，品种间杂交一般采用自然产卵受精，不能自然繁殖杂交的采用人工授精 。
记录、标牌和管理：用不同品种的鱼类进行杂交，必须做记录或登记，记录内容包括亲本性状及有关情况，如杂交方式、杂交时间、受精率、成活率等，以便供查阅备用 。鱼苗下塘后，试验池需挂牌并登记，写明受精日期和父母本的名称 。养殖期间应加强管理，尤其应注意避免不同杂质之间发生混杂 。如果不慎将杂交种流放至江河、湖泊等天然水域，将造成自然种群遗传性混杂的严重后果，严重影响自然资源的有效利用 。
加速育种进程：从杂交到新品种育成与推广，往往需要经过10个世代的时间，因而加速育种进程很有必要 。可采用异地加代，也可以进行温室和人工气候至加代，所需育种基地规模不大时，采用此法即能加速育种进程 。
杂交后代的选择：采用个体选择法时，选择一般从子二代开始，因子二代变异范围最大，可望从中选出合意的变异体，到子二代已基本可以判断有无育成品种的希望 。到子五代时，大多数性状和家系已相当稳定，确定品种可在此阶段进行 。
采用群体选择法时，一般子五代之前不进行个体选择，只进行群体选择并混养 。在子五代至子八代开始进行个体选配，建立家系和确定品种，真正选配优良性状新品种为生产无公害鱼类奠定良好基础 。
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