合理使用微生物的原则：水体污染物的代谢净化离不开微生物 。养殖密度比较低、投料量不大，池塘中的微生物就完全可以承担起水体的净化作用，但是在高密度养殖的冬棚铺膜池里，合理使用微生物是强化池塘水质净化的一个非常好的手段 。
一是低水温勿滥用微生物制剂，避免回温时出现水质不可控的骤变 。比较多的情况是，养殖户一看到水色不好时就不考虑水温、水的富营养化程度等因素，马上就下菌 。
水温在回升时，水体、底部中的微生物就会从芽孢状或者休眠状复苏过来了 。如果水温在低时没有控制好投料，或者习惯在低水温大量使用芽孢状的东西和细菌的话，一旦水温回升，这些细菌就有机会、有条件把前面积累下来的营养和残饵等利用起来，迅速地分裂，这时就会大量的耗氧，分解出大量的小分子氮和物、甚至有害气体，这时水质就难以控制了 。
二是以合理的方式使用微生物，降低微生物对水体、尤其池塘的氧消耗，自我调节微生物的释放量 。这种措施是把微生物固定在富氧的池水上层，让微生物在池塘最富氧的环境进行代谢，这一点在冬棚和室内对虾养殖中可能会有较大的优势，对池塘水质的净化和维护有较大优势 。
合理投料：合理投料其实就是学会控料，水温太低了就把料控下来 。在水温降低到20℃左右时，适当控制投料量，水温低于16℃严格控制投料 。合理投料是冬棚养殖的一个关键点，合理投料避免过度的有机物在底部积累，给回温时水质恶化留下伏笔 。
异常藻：目前，在养殖区域中，大部分区域在11月到次年的清明前可能都是少雨季节，外水源可能比较富营养化，在相对温暖的、光合作用相对差的环境中，有趋光性、有主动摄食能力的裸藻、甲藻容易泛滥（裸藻、甲藻泛滥就可能会引起对虾的消化道等异常） 。
对于外水源比较富营养化，容易滋生裸藻、甲藻的区域，可以在蓄水池使用塘生态后再消毒 。这个措施会明显降低池塘裸藻、甲藻泛滥的几率 。
青苔和预防：一是保持水体的合理透明度，让阳光尽可能不要晒到池塘的深处 。二是发现池塘边有一点点青苔出现，马上排水露出青苔，随后用塘生态稀释后喷洒在青苔上，半小时后回水，已经发黄的青苔可保留在原处 。青苔已经蔓延到深处时，把稀释了的塘生态喷在青苔上 。
底部发滑时，可以撒底康，不要随意使用含消毒药、絮凝剂（比如聚合氯化铝等）底改和调水产品，这些产品对藻有明显伤害作用、同时会加大底部负担 。
生物性疾病的预防
冬棚对虾养殖主要面对的是白斑综合征、红体等病毒性传染病 。因此，冬棚养殖过程中生物性疾病预防的重点：
提高活力：保持良好的水质，水温太低、对虾活力偏低时泼洒211，勿滥用药物 。
护理好每一次换壳：冬棚养殖要做好每一次换壳的护理，是因为脱壳不遂偷死或者脱壳不遂会诱发其他疾病 。虾的换壳有两个过程，一个是脱出来，一个是长回去 。对虾壳脱出来这个过程主要是受对虾蜕壳素的分泌控制，跟水里面的其它营养素是没有关系 。在脱的过程中不主张在换壳前大量泼钙增加营养素，超量用了钙，反而导致虾的壳脱不出来 。
换壳期的主要护理工作：A、换壳的敏感期，一般是初一、十五，初八、二十三，这些日子里不是非常必要，消毒药、杀虫药等有刺激性的东西最好不要用 。如果水温比较低，或者水温忽然从低到高，有比较大的回升，就要采取人为的方法，泼洒壳能等刺激虾的蜕壳素尽快及时的分泌出来，同时泼洒211提高对虾活力 。B、平时注意饲料营养，尽可能投喂质量比较好的饲料 。C、对虾脱壳需要有比较好的溶解氧，在换壳期前一天，泼洒壳能，维持水体通透性 。D、如果全身壳多，泼洒211提高对虾体能 。换壳换好了，再来补充钙 。
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