近几年来，总有不少生猪养殖户反映接种口蹄疫疫苗效果不理想，导致盲目加大免疫剂量、增加免疫次数 。其实，免疫是一个比较复杂的生物学过程，它涉及方方面面，下面抛开疫苗质量就影响免疫效果的一些因素作一分析：
一、疫苗毒株与流行毒株匹配性
目前来讲，猪口蹄疫主要是O 型、A 型 。其中O 型是感染最多的，也是最难防控的，应重点关注 。口蹄疫各型间没有交叉免疫性，同血清型的各拓扑型之间也仅有部分交叉免疫性，所以，免疫用疫苗的制苗毒株必须与流行毒株尽可能匹配 。
国内使用的猪O型口蹄疫灭活疫苗制苗毒株OZK/93株、OR/80株、OS/99 株，已经使用多年，对近几年猪O型口蹄疫流行优势毒株的免疫保护存在一些问题 。目前常用的制苗毒株为O/MYA98/BY/2010株（缅甸-98谱系）、O/GX/09-7株 O/XJ/10-11株（新猪毒-2 Mya-98谱系） 。为了有效地预防控制猪群口蹄疫，仅采用缅甸-98系列毒株，而忽略猪群中流行了40多年的一直在变异的Cathay系列毒株，将是极其危险的 。采用新猪毒-2和Mya-98双毒株疫苗对主要的O型拓扑型有较好的保护谱 。
O型口蹄疫疫苗对A 型口蹄疫没有交叉保护作用，目前国内A 型口蹄疫疫苗只有针对牛用的疫苗，暂没有猪用的A型口蹄疫疫苗 。
A型口蹄疫病原阳性省区仍以牛为主，目前对猪的敏感性和致病性不太确定 。如果猪群对A型口蹄疫有感染压力，是否需要疫苗仍是需要慎重探讨并得到主管部门的批准 。疫苗的效力（PD50）决定疫苗免疫保护效力的高低，自2013年9月1日起，执行新的效力检验标准：口蹄疫灭活疫苗及合成肽疫苗效力检验标准由每头份3PD50 提高到6PD50 。而疫苗质量控制中决定疫苗效力高低的关键因素是每单位疫苗中有效抗原含量的高低 。疫苗的抗原含量在一定范围内与疫苗的效力呈正相关关系，同时疫苗的效力也与制苗毒株的免疫原性密切相关 。
需要注意的是，牛的口蹄疫疫苗是不能用于猪的免疫，相反，猪的口蹄疫疫苗可以用来免疫牛 。因为猪的口蹄疫疫苗需要较高的抗原含量，特别是O型口蹄疫疫苗 。比如A型，猪的最小免疫剂量160ng，而牛只需要40ng 。
二、母源抗体的干扰
母源抗体具有两重作用，既能保护幼龄动物免受病原的侵害，但在实际生产中又有不利的一面，对疫苗免疫具有明显的干扰作用 。
母源抗体对口蹄疫疫苗免疫的影响早有报道，但在临床中尚未引起足够的重视 。这也是目前很多猪场免疫失败的根本原因，甚至疫苗的效价越高，母源抗体的干扰作用发挥越明显 。
母源抗体干扰还具有以下特点：母源抗体越高，干扰作用越大；疫苗抗原含量越高，干扰作用越大；疫苗毒株与抗体匹配性越高，干扰作用越大；只有首次免疫才受干扰，再次免疫就不受干扰 。
这就解释了同样的疫苗，为什么有的猪场免疫后不发病，有的发病，同一个猪场免疫了高效疫苗后反而容易发病，而免疫了普通苗或不免疫反而比较稳定 。
三、免疫程序不合理
不同的猪场往往根据自己的经验来确定首次免疫时间和免疫次数，导致大量的免疫失败现象 。
免疫日龄过早 。一些母猪打过很多遍口蹄疫疫苗或者发病后康复，其所产仔猪往往具有很高的母源抗体；过去我们仔猪的免疫程序一般在4～5周龄首免，现在疫苗的质量水平有所提升，母源抗体在积累，免疫日龄过早，疫苗抗原和母源抗体中和，有效的免疫抗体不能产生，反而容易导致口蹄疫的发生 。据报道，口蹄疫康复母猪所产仔猪母源抗体可达90～100d，具有坚强的保护力；仔猪细胞中和抗体＞1∶8时免疫受到严重的干扰现象 。因此具有坚强免疫力的母猪所产仔猪在60日龄以前是不能免疫口蹄疫的 。
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