在结合了Secure Desktop特性的UAC功能，只允许当前系统中以SYSTEM身份运行的进程不经过UAC监控，而以其他身份运行的程序都难逃UAC的法眼 。没有东西是完美的——UAC的兼容性弊端
1.管理员也有可能被束缚
除了系统内置的管理员账户“Administrator”不受UAC束缚外，计算机上所有的用户都要受到UAC的控制 。这样一来，即便是就具有管理员权利的用户，运行一些程序或者访问一些资源，都被UAC所拦截，需要确认操作才可以继续，这无疑造成使用上的不便 。而且，正是UAC大大限制了管理员账户对资源的权限，导致管理员账户无法运行一些管理命令，例如“BCDEdit” 。在“命令行提示”下运行“BCDEdit”命令后，出现“无法打开启动配置数据存储，拒绝访问”的错误提示 。但是，此时没有出现UAC提示窗口和任何导致该错误的详细解释，很容易让普通用户摸不着头脑，见下图 。
2.烦琐的操作，删除快捷方式竟要7步
在应用了UAC的Vista上删除快捷方式需要这些步骤:①按下Delete键 。②提示“删除快捷方式并不会移除程序，您确定要将快捷方式移到回收站吗？”，选择“是” 。③提示“快捷方式无法被移除到回收站，您要将其永久删除吗？”，选择“是” 。④提示错误“您没有删除这个档案的权限 。请按‘继续’完成操作”，按“继续” 。⑤提示“Windows需要您的许可进行文件操作 。”，点击“允许” 。⑥快捷方式并没有按照第三步的要求进行操作，快捷方式进了回收站 。⑦清空回收站，再次点“确定” 。
安全是安全了，可是删完之后人已经疯了……
3.新功能，意味着新的兼容性测试
Windows Vista上出现了很多兼容问题，其中UAC和第三方应用程序的兼容性也是其中之一 。就如Windows 2000/XP时代由于当前用户权力的限制，部分程序无法访问相关资源而出现错误一样，UAC也有可能与第三方应用程序出现类似的兼容问题 。目前据微软UAC开发部的人员称，日后的第三方软件应需要经过微软的测试，才可以获得“Certified for Windows Vista”的LOGO 。
4.如果UAC造成了麻烦，我们可以这么干
如果由于UAC造成了某些软件的使用故障，那么在这个软件通过微软新的兼容性认证之前，我们只能选择关闭UAC功能，依次打开“控制面板→用户账户”，单击“更改安全设置”选项，然后取消“使用用户账户控制(UAC)帮助保护您的计算机”的勾选，最后重新启动，见下图 。
后记：目前Windows Vista仍然处于测试阶段，所以UAC功能难免有些不足 。很多用户都想把该功能禁用，但是在一般情况下并不建议这样做，因为该功能确实能够在很大程度上保护计算机的安全 。同时希望微软在正式版的Windows Vista能够为UAC设计一个折衷的兼容性解决方案，比如类似Windows XP SP2中DEP的保护列表，让用户能够有选择地将程序设置为不受UAC监管 。
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