接下来，便是尼尔伪装者的剧情 。2004年，东京塔上红龙的亡骸扩散出了病毒，使名为“白盐化症候群”这一通过空气传播的疾病蔓延开来 。被感染的人会直接化为盐块死亡，而也有没死的人，却也被感染成了袭击人类的“红眼” 。自此，人类与红眼军团展开了长期的战斗 。为了防止红眼袭击，人类建立了“耶利哥之墙”来抵御，然而最终这道防御被破坏，使人类面临着与日渐庞大的红眼军团战斗以及白盐化症候群这一疾病扩散的灭亡危机 。
为了避免灭亡，人类开发出了一项新技术，那就是将灵魂与肉体分离 。依据这项技术，人类建立了“形态计划”，那就是将灵魂抽出，形成灵魂体，进入睡眠模式，然后制造没有意识和灵魂的复制体，等到病毒消失的年代灵魂体再从睡眠中醒来，放入复制体当中 。
然而事实并没有那么顺利，被抽出来的灵魂体大部分都不稳定，很容易人格崩坏，变成暴躁的崩坏体 。研究这项技术的组织为了多次进行实验，把抽取灵魂的程序做成了一本书，名为“黑之书”，人只要一碰到这本书便会被抽取灵魂 。而且这个组织还复制了一堆这样的书，拿给什么都不知道的市民做实验 。
尼尔和他的妹妹尤娜流落街头，他们俩无依无靠，结果就摊上了做实验体的事儿 。组织的人骗他们说是给他们福利，但尼尔见前面排队的人没有得到吃的，反倒是一人得到一本书，而且一碰书就变得很奇怪，哪里还不知道这是骗他的?于是尼尔和妹妹就跑了，结果被崩坏体袭击，关键时刻尼尔为了保护妹妹，向组织发给他的黑之书寻求力量，这时，奇迹发生了!尼尔的灵魂并没有崩坏，而且还能自如的使用魔法!
尼尔和边上的黑之书
然而事实依旧很悲剧，尼尔想要保护妹妹尤娜，但是尤娜又何尝不想保护哥哥，结果尤娜也碰了黑之书，并且灵魂开始崩坏 。这时候组织跑过来对尼尔说尼尔作为稳定的灵魂体可以释放出特别的魔素，这种魔素能让其他的灵魂体保持稳定 。虽然尤娜的灵魂体已经开始崩坏，但是只要尼尔愿意和组织合作，组织便可以将尤娜的灵魂冷冻起来，延缓崩坏，尼尔为了救妹妹同意了，于是他便成为了人类灵魂的稳定剂 。到这里，尼尔伪装者的故事正式开始 。
1400年后，在某一个村庄里，居住着同样名为尼尔和尤娜的一堆兄妹 。在1400年后的世界里，有一种叫做“黑文病”的疾病以及被称作魔物的生命体到处肆虐 。尼尔的妹妹尤娜同样患上了黑文病，尼尔为了治疗妹妹，在村子里的一对双胞胎姐妹迪波拉和波波拉的指引下踏上了旅途 。
在旅途中，尼尔结识了可以说话的白之书，身体一半被魔物侵蚀的双性人凯妮，以及有着石化之眼的少年埃米尔 。在旅途中，有一个魔王前来抢走了尼尔重病的妹妹 。为了寻找魔王，尼尔花了五年的时间，并且逐渐得知了事情的真相 。原来白盐化症候群消失后，人类灵魂体按照计划开始苏醒，并且寻找着自己的复制体准备附身进去，然而他们遇到了一个大麻烦，那就是在这1400年间复制体居然拥有了自己的意识 。这使得人类的灵魂体迟迟不能回归复制体之中，使得其中一部分灵魂体即使有了魔素也依旧无法稳定，变成了崩坏体，也就是“魔物” 。另一方面，伴随着灵魂体的崩坏，以该灵魂体的数据制作的复制体也会开始崩坏，这就是“黑文病” 。尼尔在寻求妹妹等我过程中得知了自己所居住的这个世界上的“人类”其实都只是复制体，只是为了能让真正人类灵魂体回归的容器而已 。这太残忍了，明明我们都拥有感情，但本身却是没有灵魂 。而一直照顾自己和妹妹的姐妹花迪波拉和波波拉其实是由真正的人类创造的用来监视复制体的人造人 。也就是说，尼尔等人一直都仿佛是家畜一般，被人监视，被人利用 。
推荐阅读
- 尼尔机械纪元快速吃药方法一览 尼尔机械纪元如何快速吃药
- 尼尔机械纪元低等级过DLC方法 dlc快速拿到衣服方法
- 尼尔机械纪元隐藏彩蛋图文汇总 游戏有哪些隐藏彩蛋
- 尼尔机械纪元形状记忆合金获得方法 形状记忆合金怎么获得
- 尼尔机械纪元隐藏道具获得方法 亚当的眼镜哪里获得
- 尼尔机械纪元速度之星第三场跑法 速度之星第三场怎么跑
- 尼尔机械纪元低等级怎么打出2b清凉装？ 清凉装获得方法
- 尼尔机械纪元剧情时间线列表一览 剧情时间线整理
- 尼尔机械纪元主线在哪捡尸体？主线工厂传送带捡尸体方法
- 尼尔机械纪元破解版报错跳出怎么办？进不去游戏解决方法