当然，洪承畴受命招抚江南，也镇压屠杀许多江南抗清义军，斩杀了拥护明王室内的义士，如左佥都御史金声、大学士黄道周、明宗室长乐王朱谊石、瑞安王朱谊防、金华王朱由产、高安王朱常淇、瑞昌王朱谊贵等人领导的抗清武装 。洪承畴遭到抗清人士的一致唾骂和谴责，金声、黄道周被俘时都痛斥他无耻变节，连他的母亲和亲弟弟洪承畯也面责他不忠 。
完善制度
洪承畴建议清延采纳许多明朝的典章制度，完善清王朝的国家机器，献计甚多，大多被顺治采纳，加以推行 。如恢复明代的内阁票拟制度，以便大学士对用人行政等要务能有所指陈，六科也可以据以摘参，从而达到杜渐防微的目的 。他还建议九卿科道会推督抚提镇官员实行保举连坐法，慎重用人行政 。
为了巩固清政府的统治，洪承畴建议统治集团也须“习汉文，晓汉语”，了解汉人礼俗，倡导儒家学说，逐渐淡化满汉之间的畛域 。顺治帝和洪承畴的一则对话：“上曰：‘朕试人之法，倍难宰( 相 )、( 督 ) 抚 ，何术方不受欺 ? ’对曰：‘敷奏以言，明试以功 。’立论最为宏通，可以为法 。上曰：‘ 如此看来，岂《虞书》还是不可不熟读 。’对曰：‘岂《虞书》而已哉 ! 五经皆治天下之大宝也 。’”
此外，他还举荐许多明朝官吏，倡兴北方水利，对当时政局的安定，经济文化的发展，都起了重大的积极作用 。
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