面对困局，神农、轩辕联手对抗蚩尤，并寻找三清等天仙相助;女娲用神土制就了人族里出色的战士，伏羲则将自己剩余的力量融合于神土血脉之中，随后陷入沉睡;神农则一边领导主力军队与蚩尤抗争，一边遍尝百草，制造灵丹妙药，对抗蚩尤从鬼界接引的尸毒魔气 。
不久后，神农因为百草反噬和战争不利，终于体力不支倒下 。女娲独力杀入蚩尤大军，血战七日，最终用自身神力封住了共工打开的鬼门，使得蚩尤不能继续借助烛龙之力 。暴怒的蚩尤正要趁机灭绝女娲元神，轩辕带着天界三清(元始天尊、太上老君、通天教主)终于来到，打退蚩尤，救下女娲 。
蚩尤退败后，烛龙突破了蚩尤的禁术，妄图卷土重来 。
女娲无奈，唤醒伏羲和神农 。轩辕、神农、伏羲、女娲四人在三清的帮助下施展巫祷之术建筑封神台，
将人间龙脉之气作为钥匙，形成新了的封印，加固在原本的烛龙封印之上 。这份封印将随着人族兴旺而逐步加深，人间自此可不再担心烛龙挣脱为祸 。
太上老君以自己的元神之力把烛龙封印在了封神台中，今后如果有仙家或是人类晋升为神，就必须要通过封神台的考验 。
(和科举考试差不多，百年举行一次的盛会，百仙会 。)
太上老君会从封神台中抽取一丝烛龙之力，让挑战者与之对抗，原本这一做法是为了削弱烛龙的力量，但是烛龙表面顺从，在暗地中却趁机蚕食太上老君元神中的力量，他的阴谋最终得逞，封印了太上老君的元神，并且占有了他的身体 。
由于仙界很多人都是被太上老君提拔起来的，又因为老君与世无争的性格，包括姜子牙、观音在内的很多人都很信任他 。烛龙占据太上老君的身体后，利用众人对太上老君的信任，在盘根错节的派系中都安插了自己的势力，并妄图消灭仙、神二族，控制整个元气世界 。
伏羲本已重伤，施法后几乎消散，在众人的护持下元神勉强遁入不周残山沉睡 。女娲也在娲皇宫陷入沉睡，只能偶尔醒来 。
仙道崛起
元始天尊、太上老君和通天教主等人将修行道法传于部分资质优秀的人族，然后返回了天界 。天界与人界因此互通有无，关系日渐紧密 。修行天界道法的弟子逐渐成为人界的新生力军 。而蚩尤之前元气大伤，疲态已现 。
终于，轩辕在众多道法弟子协助下，率领大军决战蚩尤，亲手将蚩尤与其先锋爱将刑天相继斩首 。不料刑天习得鬼界不死尸气，断头不死，还抢走了蚩尤尸身，强行穿越鬼门逃遁 。
长久的征战后，轩辕等残存的远古众神都身心俱疲负有重伤，不得不闭关休养，轩辕传下人族天子之位，请求道法弟子辅佐继承者 。
封神之战
几经朝代更迭，凡人的力量越发弱小，具有神土血脉者稀薄，天界所传的仙人宗派越发强盛，最终成为幕后的领导者 。渐渐的，天界开始展开了对人界控制权的争夺 。元始天尊与通天教主在暗地里指挥弟子拼得你死我活，
太上老君表面超脱于众人的权利争斗之外，醉心寻奇探险，不问世事 。实际上却在元始天尊和通天教主的弟子中安插自己的势力，激化两人之间的矛盾 。
商周末年，元始天尊扶持轩辕后裔的姬氏一族，悍然向通天教主支持的商朝发动了战争，并在此战争中，运用秘法吸取优秀战死仙人、凡人的力量，(这个秘法可以是元始天尊身边的人告诉他的，这个身边人受到烛龙的控制 。)注入本来略显薄弱的封神台，再次加固烛龙封印，此即“封神之战” 。
他们却不知道，烛龙已经逃脱 。烛龙悄悄将封神台的力量收归于己 。
由于这股力量十分庞大，烛龙已经感受到了威胁，他不想一直躲藏在太乙真人的体内，于是决定毁灭元气世界的未来 。
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