现存的最低等脊索动物 ， 如海鞘、文昌鱼等 ， 由于体内还没有坚硬的骨骼 ， 至今还没有发现它们的化石祖先 。因此 ， 关于脊索动物的起源 ， 只能用比较解剖学和胚胎学的证据来进行推测 。
脊椎动物的进化可以分为三个大阶段：第一阶段是在水中的进化 ， 也就是鱼类（软骨鱼和硬骨鱼）的进化；第二阶段是从水中到陆地上的进化 ， 即两栖类和爬行类的进化；第三阶段是由爬行类进化出来的两支高等脊椎动物 ， 鸟类和兽类的进化 。
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