1、种子处理
（1）药剂处理：50%和穗安可湿粉剂、25%粉锈宁可湿粉剂、40%混合双可湿粉剂，用种子量的0.2%混合物取得良好效果 。上述处理后的种子与包装剂混合混合，可提高预防效果 。有些药剂在混合时要注意不要超过规定量，以免发生药害 。
（2）物理消毒：
①变温浸泡种子：将种子浸泡在冷水中4-6小时萌发菌丝，在49℃的水中浸泡1分钟，然后在52-54的水中浸泡10分钟 。该方法预防效果好，但需要严格把握温度，操作复杂，大面积普及应用不方便 。
②恒温浸种：将种子浸入44-46℃的水中3小时，取出，冷却后晾干 。恒温浸种安全，防治效果好，发病率低于0.5%，大面积处理方便 。
③生理杀菌处理 。用生石灰和消石灰0.5公斤，加入清水50公斤，可以浸泡麦种30-50公斤，水温20℃浸泡3-4天，25℃浸泡2-3天，35℃时只需1天 。浸泡后晾干播种 。该方法操作简单，取材简单，效力高，明显优于泡汤 。浸种过程中，麦种不太容易，种子厚度为2尺，最好防止底种发热发霉 。石灰水浸种菌丝的作用是生理杀菌 。种子在没有氧气的情况下，产生乙酸或乙醛，杀死潜伏在种子内部的菌丝体 。在处理过程中，石灰只起到防腐作用，与杀死种子内潜伏的病菌无关 。
2、繁殖无病种子：在良种场或种子繁殖基地繁殖无病种 。种田距离大田至少100米以外，所使用的种子必须经过严格处理，保证一切无病 。做好无病种子的繁殖工作是预防该病的根本措施，可以避免种子处理的繁重工作 。
3、选择抗病品种 。小麦散黑穗病原菌生理变异速度慢，小麦对散黑穗病的抵抗性是单基因显性遗传，抗原也丰富，有利于抗原品种的选择 。在选择抗病品种中，病原菌不能进入胚胎，也不能进入胚胎，但分生组织的发育有差异，可以利用闭花授粉的特征进行选择 。
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