康熙年间孔尚任《桃花扇》，则认为史可法是沉江而死 。史可法出城后，骑马渡河，因马蹶落水溺死 。或说他出东门遇清兵堵截，自觉无望，即赴水自尽 。
还有说清兵破扬州时，史可法便销声匿迹，不知所终 。计六奇于顺治六年(1649)外出，途中坐船遇一嘉兴人，自称是当年扬州抗清失败后逃出来的，他说城破时史可法下落不明 。
一般史家通过对清代的史料加以分析，认为史可法于扬州之役被俘遇害 。《清实录》云：“攻克扬州城，获其阁部史可法，斩于军前 。”《明史》说，史可法自刎未遂，被部将拥至小东门，为清军抓获，史可法大呼：“我史督师也 。”遂遇难 。还有史可法嗣子史德威著《维扬殉节纪略》记述道，扬州城陷时，史可法自刎未遂，为清军捕获 。多铎对史可法“相待如宾，口呼先生”，并劝降说：“为我收拾江南，当不惜重任也 。”
【清军屠扬州城之前拼死防守的史可法为何下落不明？】史可法答曰：“我为天朝重臣，岂肯苟且偷生，作万世罪人哉!我头可断，身不可屈……城亡与亡，我意已决，即劈尸万段，甘之如饴”，丁是被杀 。此外，史可法于四月二十日左右写过五份遗书以及给其母亲、夫人、叔父兄弟及致嗣子史德威的书中，都表示了“一死以报国，固其分也”的坚定态度 。可见他早就抱定一死之心，说他得以逃生似不可信，且其部将刘肇基在扬州城陷前已中流矢而亡，不可能与史可法一同“缒城潜去” 。
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