诸如上述的传染病很多，但是大多都逃不出一个关键词——微生物 。瘟疫，在缺乏有效检测手段的年代，是传染病的统称 。发生瘟疫时，除了蒙昧时期的经验科学，或许就只有求神拜佛了 。
被烟草花叶病毒感染的叶片和病毒的电镜照片
（图源：virosin.org）
在列文虎克发现了细菌后，直到19世纪 60年代，近代微生物学奠基人路易斯·巴斯德，用著名的“鹅颈烧瓶试验”证明了细菌不是自然发生的，而是由已存在的细菌产生 。而在人类发明了能阻挡细菌通过的过滤器后，却依然发现植物能够被烟草花叶病的过滤液感染，直到数十年后电子显微镜的发明，才让人类第一次观察到了病毒的样貌 。
浅谈细菌和病毒异同
说到这里，是时候将细菌和病毒的异同以科学且相对通俗的方式呈现了 。最直观的区别是：细菌有细胞结构，病毒无细胞结构，蛋白质外壳包裹着一团储存遗传信息的核酸 。细菌可以无宿主增殖，而病毒无法脱离宿主增殖 。病毒比细菌要微小得多，一般只有细菌的十分之一，甚至百分之一大 。直到电子显微镜发明人类才真实的观察到病毒 。
我们对于恐龙化石非常熟悉，更为有趣的是还存在着细菌化石，科研人员在中生代、新生代的沉积中，发现了很多保存着完整小球菌和杆菌的化石，足见细菌的体积之大 。然而目前为止人类还未发现任何有关于病毒的化石 。
就目前的研究手段和证据，病毒的起源未知，不形成化石就没有进化过程的外部参考，病毒的多样性显示它们的进化很可能是多条线路的而非单一的 。分子生物学是揭示病毒起源的有效方式；但仍然需要远古病毒DNA或RNA的样品，而全球各大生物实验室中病毒样本只能追溯不足百年 。
除此之外，病毒的命名也不如细菌系统：冠状病毒按照病毒的型态命名，狂犬病毒、烟草花叶病毒是根据感染对象命名，埃博拉病毒是以最初发现的地点命名，天花、麻疹则是根据病征来命名 。高中生物中的病毒机器人——噬菌体常则依据实验室内编号命名，如T1噬菌体 。
对抗细菌病毒的良药
人类与细菌病毒抗争了千年，在现代医学的抗生素研制出来之前，人类凭借自身抵抗力和经验性的古代医学对抗 。古代中医对抗瘟疫，不外乎将中草药投入到饮水井，而古代西医甚至将生石灰、甘汞等物质组成用药，更有甚者通过频繁的放血来达到排毒的目的 。直到抗生素的发明，才将人类的寿命显著提升 。
抗生素，也就是国人口中常说的消炎药，它的发现源自弗莱明的一次失误，在培养皿中培养细菌时发现，由于密闭没有做好导致青霉菌落在培养基上，而它的周围没有细菌生长，受此启发研制出青霉素 。大名鼎鼎的盘尼西林就是青霉素的音译，和原子弹同是二战时期最伟大的发明 。
抗生素只对细菌有效 。对于绝大多数病毒，人类却束手无策 。有限的抗病毒药物包含病毒灵（盐酸吗啉胍），其机理是抑制病毒的DNA和RNA聚合酶，达到抑制病毒繁殖的目的 。1%浓度下的病毒灵对腺病毒、疱疹病毒都有明显抑制作用 。
病毒唑是以利巴韦林为成分的核苷类抗病毒药 。针对遗传载体为嘌呤RNA的核苷酸时，会干扰病毒复制 。从新冠流行开始就一直见诸于媒体风口浪尖的瑞德西韦也是抗病毒药物，它是核苷类似物，具有抗病毒活性，对埃博拉病毒感染有很好的疗效 。然而WHO参考了对比样本数据，并不推荐瑞德西韦治疗新冠患者 。
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