为害最严重的是杂菌污染 ， 常见的杂菌有木霉、绿霉、黄霉、根霉等 。防治方法主要有：选用无霉变的材料 ， 培养料要进行堆制发酵并进行灭菌处理 ， 栽培场地要严格消毒 ， 发现有污染的要及时清理出去 。适当通风防止温度过高、湿度过大 。
平菇栽培还经常出现生理性病害：①小菇部分死亡：小菇太多时 ， 会有部分死亡 ， 主要是营养不足“饥饿”死亡；过早喷水或湿度过高、湿度太大亦会引起小菇死亡 。②大脚菇：常常是因为通气不良 ， 二氧化碳浓度过高造成 。③幼菇枯萎：主要是培养料过干或空气湿度偏低 。
平菇栽培的主要虫害是菇蝇等 ， 一般按防治杂菌的方法能较好地防治菇蝇等害虫 。同时 ， 在搬动过程中尽量防止塑料袋破损 。
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