Stallman创造了一个词copyleft ， 由于通常意义上的版权copyright是用来限制别人在没有许可的条件下不能使用和传播软件 ， 而copyleft则鼓励任何人可以使用和传播软件 。copyleft限制妨碍使用和传播GNU软件的行为 ， 例如不提供GNU软件的源代码 。然而copyleft与copyright并不冲突 ， 因为 copyleft是针对软件的传播者而非针对最终使用者的 。GNU软件必须使用copyleft保护 ， 限制将GNU软件本身用于牟利目的 ， 而其他软件仍然可以使用copyright保护版权不被侵犯 。Stallman进一步使用GNU 通用公共许可来详细阐述copyleft的观念 ， 要求传播GNU软件必须同时传播其源代码 。由于GNU通用公共许可十分流行 ， 因此很多非自由软件基金会的自由软件也使用GNU通用公共许可来保护自己软件 ， 不被商业公司用于获利 。
GNU软件许可相当宽松 ， 有很多公司利用GNU软件进行商业活动 ， 但只要同时提供了GNU软件的源代码 ， 就没有违反GNU软件许可 。
FreeBSD本身是在BSD许可的保护下 ， BSD许可权与GNU通用公共许可略有不同 ， 一些方面的限制甚至更为宽松 。GNU通用公共许可要求传播（包括销售）任何符合GNU软件应该包括源代码 ， 反对利用保守GNU软件的源代码的方式牟利 ， 而BSD许可则允许以二进制形式发布软件 ， 对于某些不打算公开源代码的商业运用并没有进行限制 。
GNU/LinuxFreeBSD并不是唯一的免费 “Unix 操作系统 ， 也不是最流行的Unix系统 ， 这个荣誉属于Lin ux 。这主要由于Linux出现得早两年 ， 那时BSD的源代码还受AT&T许可权的限制 ， 不能自由获得 ， 而I ntel的32位处理器386的普及已经使Internet上诸多Unix爱好者对PC平台上的免费Unix系统提出了需求 ， Linux应时而生 。近来在Netscape等商业公司的倡导下 ， Linux得到众多商业公司的支持 ， 无形中成为了反Microsfot联盟的一杆旗帜 ， 声势更为浩大 。
Linux是由芬兰人Linus Torvalds编写的Unix兼容系统 。由Linus Torvalds 负责核心开发和维护 ， 其他组织和商业公司负责将Linux的核心和应用程序组织在一起发布 ， 由于大部分程序为GNU软件 ， 因此更严格的说Linux应该被称为GNU/Linux 。当前流行的Linux版本有slackware 3.6 ， Debian 2.0 ， RedHat 5.1等 。
Linux和FreeBSD同为英特尔平台上的Unix操作系统 ， 因此有很多相似之处 。几乎所有的自由软件都同时支持Linux和FreeBSD ， 因此在应用方面他们也很相似 。但Linux和FreeBSD也有相当大的不同之处 ， 可以说各具特色 。
从历史渊源上讲 ， FreeBSD继承了BSD Unix的代码 ， 因此代码相当成熟和稳定 。而Linux是一个全新的系统 ， 是遵循POSIX规范开发的一个独立操作系统 ， 但又提供了与BSD Unix或Unix System V的兼容性 。因此Linux完全没有受到1992年的AT&T诉讼的影响 ， 结果成为了最流行的自由操作系统 。虽然今天那次法律纠纷已经解决 ， 4.4BSD Lite的代码可以自由获得 ， 但FreeBSD的使用者仍要少于Lin ux的使用者 ， FreeBSD的使用者多数为网络和计算机专业人士 ， 普及程度较低 。
出于这个历史渊源的原因 ， FreeBSD是一个完整的系统 ， 从系统核心到系统提供的程序均来自BSD Uni x ， 部分GNU软件是用于代替BSD Unix中的一些老版本软件 。而Linux仅仅只是一个操作系统的内核 ， 其应用程序大部分为GNU软件 ， 然后由不同的组织或个人将这些GNU软件与Linux内核整合在一起的 。因此就存在多个不同的Linux版本,而且不同的Linux版本使用不同的组合方式 ， 因此各种Linux版本之间有很大的差异 ， 并且可以预计这些版本会随着发展进一步增大彼此的差异 。而FreeBSD的版本比较整齐清晰 ， 只有一个FreeBSD版本 。
通常FreeBSD更关心稳定性 ， 而Linux具备的各种新特性更多 。由于Linux得到了更多的商业公司支持 ， 因而Linux下的商业软件也更多 。但是这些商业软件均可以通过FreeBSD对Linux执行文件的支持 ， 也能够运行在FreeBSD上 。这个不同主要是由于Linux和FreeBSD的开发过程的差异造成 。
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