由于目前尚无治疗霉菌毒素的特效药物，常规治疗的同时要配合使用其他药物 。例如，用制霉菌素、克霉唑的同时，在饲料中额外添加能够促进肝脏解毒功能的营养成分复合VB、蛋氨酸，可帮助畜禽加速代谢，排出毒素，VA、VC、VE、硒会缓解霉菌毒素对机体细胞的毒性作用 。用氧化酶制剂可减少毒素在体内的吸收，氧化酶还可破坏毒素分子结构，降低毒素的有害毒性，并能明显促进中毒脏器的排毒、解毒 。
临床上，一般用碘化钾或硫酸铜溶液饮水治疗本病 。据实验室检测，这需要有较高浓度才有抑菌作用，通常用1：3000的硫酸铜进行饮水，但临床应用效果不一，有待进一步验证 。另外，对于可能的继发感染还要配以抗生素治疗 。
坚持预防为主是解除霉菌和霉菌毒素危害的根本 。饲料存放要干燥、通风，存放期要短 。不喂发霉饲料，及时更换发霉垫料，不要一次性添加全天的饲喂量，这在高温、高湿的舍内环境中，极易滋生霉菌 。畜禽舍要充分通风排湿，饮具用品要洗刷干净，放日光下照射4小时以上，育雏室、孵化室要用甲醛、过氧乙酸消毒，鸡群添换水操作要避免随地洒水，要控制好舍内温湿度 。
饲料厂和养殖户自配料，可在新玉米中添加丙酸，以杀灭霉菌，但丙酸对霉菌毒素则没有作用，可以添加一些高效霉吸附剂、分解剂也能起到预防作用 。尤其是使用玉米酒糟的饲料，更要注意添加，因为加工一吨玉米可产生约300斤的玉米酒糟，这些酒糟中会浓缩三倍量的霉菌毒素 。
而用干玉米与新玉米兑掺配料，可以稀释霉菌毒素浓度，只要浓度不超标，就不会有太多危害，况且畜禽对霉菌毒素的敏感程度与日龄成反比，40周龄以上的鸡，耐受力较强，而幼畜禽、种畜禽对霉菌毒素的耐受力低，后继影响更大，这在饲喂中可关注区别对待 。
值得指出的是，对黄曲霉毒素的防范必须引起特别关注 。黄曲霉菌毒素有强烈的致癌、诱癌作用，黄曲霉菌毒素中毒是人畜共患疾病之一，当黄曲霉毒素通过肉、蛋、奶和动物内脏进入人类的食品链时，就会严重危害人类健康 。
花生、玉米、豆粕、棉籽、稻谷等易滋生黄曲霉菌 。在使用上述原料时，应尽可能先取样送检或用快速检测试纸进行测定，原料的脱毒可选用熏蒸法、辐射处理法、白陶土吸附法、活性炭、膨润土、沸石、硅藻土吸附法、氨气处理法、石灰水浸泡法 。
在饲料厂的颗粒料生产过程中，要注意粉碎料入机前更易吸收周围水分，堆压时间过长、仓储通风不良、雨淋、曝晒等都易引发霉菌污染，这点需注意 。
粉料入机后要调控好蒸汽压、水分、时间，还要避免管道冷凝水进入而使粉料水分超标，出机时颗粒料温度、水分过高，也会导致黄曲霉菌生长，还要定期清理颗粒料提升斗或管道中形成的霉积料 。
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