隋开皇四年（584），罢郡，以州统县 。今舟曲属宕州 。炀帝大业元年（605年），改宕州为宕昌郡，今舟曲仍为宕昌武都郡辖地 。
唐初废郡置州，以州领县 。高祖武德元年（618）设陇右道宕州、阶州（武州） 。宕州辖怀道、良恭、和戎，舟曲地属怀道县和福津县地 。二年，宕州隶秦州总管府 。四年属岷州总管府 。唐太宗贞观元年（627），宕州与怀道移治今舟曲西 。三年（629），撤和戎，入怀道县 。唐玄宗开元二年（714），置陇右节度使，今舟曲属陇右宕州 。天宝元年（742），宕州改为怀道郡，治所怀道县 。安吏之乱后肃宗至德三年（乾元元年，758），怀道郡改为宕州 。肃宗上元二年（761），宕州怀道县具陷于吐蕃 。唐末至五代，舟曲境仍在吐蕃势力范围 。
北宋初年，位河湟一带的吐蕃口角 厮口罗建立地方政权，今舟曲在其控制之下 。宋徽宗建中靖国元年（1101），王韶收岷、宕、洮、叠四城，今舟曲境归宋秦风路阶州福津县 。
高宗绍兴二十年，今舟曲为福津县故城镇，辖平武、沙滩、峰贴峡寨 。
蒙古汗国至元三年（1266），元帅汪完者帖木耳镇守西固 。
元世祖忽必烈至元八年（1271），废福津县，并入阶州，属陕西行省巩昌总帅府，舟曲境为阶州辖地 。至元二十六年（1289），立西固城军民千户所 。翌年，旋改蕃汉军民千户所 。元惠宗至二十七年（1367），改置西固蕃汉军民上下千户所，属阶州 。
明太祖洪武七年（1374）置巩昌府西固城等千户所 。十一年（1378），岷州卫领西固军民千户所（军民千户所有四） 。十四年，改称西固城军民守御千户所，属陕西都司 。翌年，旋改为西固城守御军民千户所，隶岷州卫民指挥使司直辖 。万历六年（1578），西固分设阶州州同 。民事、军事分治 。
清世祖顺治二年（1645），改置西固守御所千总 。顺治十二年（1655），西固御所千总并阶州，设州同 。雍正三年（1725），西固隶巩昌府 。七年，黑峪土司改土归流，西固辖 。因西固番人慕化，编民户四里，裁西固守御所，设抚彝同知 。乾隆元年（1736）裁西固抚彝同知，仍设州同，隶阶州直隶州 。
民国2年（1913），以西固分州改置西固县，隶陇南道 。后改渭川道 。16年（1927）废道，西固县直隶于省、改里为村 。民国27年（1938），西固县划入第一行政督察区 。1944年划入第八督察区，专员公署驻武都 。
中华人民共和国成立后，国家实行省、专区（州、市），县（市、区）三级地方行政体制 。1949年12月10日，西固全境解放，西固县人民政府成立，隶武都专区 。1954年，以西固县官亭、沙湾、富坪3乡和岷县东南部析置宕昌县（县人民政府驻宕昌），西固县改设舟曲行政委员会，属甘南自治区 。
1955年，甘南自治区更名甘南藏族自治州，所辖舟曲行政委员会改为舟曲县 。境内有白龙江，藏语称为舟曲，因水为名 。
1955年12月26日国务院批复同意撤销甘南藏族自治州原属的舟曲、碌曲、玛曲3个行政委员会的组织，并分别设舟曲县、碌曲县、玛曲县 。舟曲县管辖的区域是：原宕昌县（原名西固县）的峰叠区、武坪区、城关区、阳乡，原属岷县的洛大乡、官鹅乡、大河坝乡和原属武都县的坪牙乡等地区，并且把这些地区调整为3个区、25个乡 。县人民委员会驻原西固县城 。4月9日成立 。
1959年1月，舟曲县改名龙迭县，1962年恢复舟曲县 。
2002年6月25日，甘肃省民政厅甘民区复字[2002]21号批复：撤销城关乡、大川乡，设立城关镇、大川镇 。调整后，舟曲县辖2个镇、20个乡：城关镇、大川镇、曲瓦乡、巴藏乡、大峪乡、立节乡、憨班乡、峰迭乡、坪定乡、江盘乡、弓子石乡、中牌乡、南峪乡、三角坪乡、池干乡、八楞乡、武坪乡、插岗乡、拱坝乡、铁坝乡、大年乡、博峪乡 。
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