小产权房纠纷如果符合起诉条件，法院就会受理 。但如果是关于小产权房交易产生纠纷，要求承认购买合同效力的，因为小产权房交易是不合法的，不合法的交易法院是不会受理的 。
小产权房的弊端1、缺少“五证”
“五证”是购房者能否获得房产证的先决条件，主要是指《国有土地使用证》、《建设用地规划许可证》、《建设用地规划许可证》、《建设工程规划许可证》、《建筑工程施工许可证》以及《商品房销预售许可证》 。如果没有这五证，是无法办理房产证的 。尤其是对业内人士来说，小产权房存在很多风险，最大的问题就是无产权，并且不受法律保护 。
2、质量难保证
此外，还有一个弊端就是房子质量无人监督，部分开发商为了贪图利益，往往会存在偷工减料的现象，因此购买此类房产将会存在较大的安全隐患 。小产权房，通常是由土地所在村开发，除了质量及售后难以保证之外，入住后的物业管理也极有出现问题 。
购买小产权房屋风险1、土地违规占用风险
市场上购买的原村集体土地上所建的统建楼或集资楼、企业拿地所建建筑，以及村民用宅基地合作自建的农民房都有可能存在违规占用建筑红线或市政黄线以及耕地绿线等现象 。该类小产权房一旦被政府巡查或被纳入规划重建的时候，极有可能存在被强制拆除的风险 。该风险也是小产权房存在诸多风险的根源所在 。
2、违规建设缺乏质量管理
由于小产房普遍存在建设过程中未进行相关建设规划与建设施工许可申报，违反了合法建设申报流程，同时由于在建设过程中缺乏合法合规地建设质量管理，则有可能在建设过程中建筑物本身就存在设计不合理，建筑材料偷工减料等现象，建筑质量得不到保障，甚至在建成后成为危房或危楼 。
3、违法销售存在一房多卖的现象
该类风险是小产权房买卖过程中普遍存在的主要风险，由于小产权房在销售过程中无法取得政府颁发的预售或现售许可，买卖过程无法得到合理有效的管理 。同时，由于小产权房的开发商既有个人开发建设，也有村委公司开发建设，开发商多头现象普遍存在，在销售过程中就极有可能存在一房多卖的现象，甚至还会出现开发商卷款跑路的情况 。
4、维权无门
【小产权房纠纷法院是否受理】根据《中华人民共和国土地管理法》的规定，农民集体土地的使用权不得出让、转让或者出租用于非农业建设 。而农村宅基地属集体拥有，村民对宅基地也只是享有使用权，村民将房屋卖给城市居民的买卖行为不能受到法律的认可与保护 。虽然有些地方目前已将原村民集体土地全部流转为国有建设用地，但政府在若干年前就已三令五申地表明小产权买卖纠纷不予受理 。
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