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击败小茂后，大木博士会进来称赞主角一番，然后带主角荣誉殿堂 。在记录下通关的队伍后会出现工作人员名单，之后系统会自动保存一次 。
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一周目结束
二周目流程
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一周目通关后读取存档就进入二周目，开始地点是自家门前 。这时大木博士会跑过来询问图鉴收集情况，要是已捕捉的怪兽达到了 60 种的话，他就会帮主角升级全国图鉴 。如果还没达到的话，先去抓够 60 种再来找博士吧 。
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抓到 60 种怪兽后去博士的研究所找他升级图鉴 。这之后再去精灵联盟，就会被告知冰系天王有事出去了，暂时不能挑战四大天王了 。
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从枯叶市坐船来到 1 岛，和岛上网络中心里的 NPC 对话，得知新系统的运行还需要一块红宝石 。如果在码头桥上向下冲浪的话会到达珍宝海滨，使用探测器能发现不少道具 。
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从 1 岛往右冲浪，踏上光辉之路 。往上走会发现一个山洞，进去是灯火温泉，在这里能回复 PM 状态 。和上面的一个老爷爷对话，他会给主角 HM06 碎岩 。
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继续往上走，使用冲浪后到达灯火山 。上到山腰后在左面进入山洞，一直往上走，走到顶层后推开石头可以遇见火焰鸟，尽力收服吧 。
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下山后在山脚往右走，能看见两个火箭队小兵在把守一个洞穴 。击败他们后进入洞穴，在最深处发现红宝石 。
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回到网络中心把红宝石给 NPC，他会再拜托主角寻找蓝宝石，并且给了主角 7 岛的船票，同时地图也更新了 。之后就可以在 7 岛间畅行无阻了 。
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接下来来到 4 岛，一进去就能看见小茂，不过他这回没有跟主角开打就离开了 。在岛上走走发现，原来冰系天王科拿的家就在这里 。
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在科拿家右面使用冲浪进入冰爆洞窟，前面的大瀑布暂时上不去，先进入左面的洞穴 。这里的小块冰面踩两下就会掉下去，然后可以用梯子再爬上来 。利用这点到右下角拿到 HM07 攀瀑，这样就可以登上大瀑布了 。
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登上瀑布后来到洞穴深处，发现冰系天王和火箭队 。帮助科拿击败火箭队小兵后，他们会说出下一个目标 5 岛的火箭队仓库 。
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于是来到 5 岛，往右走来到空地 。击败几个火箭队小兵后看见了火箭队的仓库，但是没有密码进不去 。往右面使用冲浪是回忆之塔，不过也没什么特别的剧情 。
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从 5 岛向上冲浪，再往左走有一个小岛 。岛上的老爷爷会给主角一个怪兽蛋，当然要队伍里有空位才行 。
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继续往右走到头是不归洞穴，里面能捡到一些道具 。在最深处遇见一个女孩，和她对战斗后将她送回家 。之后再和她说话她会要求看一些 PM，满足她的要求的话就会得到道具奖励 。
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然后坐船去 6 岛吧，在 PC 中心会再次遇见小茂，不过也是只说了几句话就走了 。
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从 6 岛的右面海滩向上冲浪能到达水之小径，旁边能进入标记森林，这里有很多虫系 PM 。穿过森林的话还可以冲浪到变化洞穴，如果有 ecard 的话可以在这里抓到火叶版以外的怪兽，但对于大部分玩家来说是没什么用的 。
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从 6 岛的右面往下走能够看见一个山洞，不过门关住了 。用居合斩将门打开后进去，按顺序掉入上，左，右，下的洞，发现蓝宝石 。可刚拿起来就被尾随的来的 NPC 抢走了，他留下了一段火箭队仓库的密码后离开了 。
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再次来到 5 岛的火箭队仓库，有了密码这下可以进去了 。在仓库右上角找到了之前请蓝宝石的 NPC，将他击败后能拿回蓝宝石 。
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然后回到 1 岛，和网络中心里的 NPC 对话，设备完成 。之后游戏便可以和宝石版游戏通信了 。
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