慢性鱼病死鱼，它的发病和死亡比较平缓，从发病到死亡都有一个过程，前兆比较明显，许多鱼都是逐步死亡，不会在短期内发生大批死亡 。这一点与化学物急性中毒突发性死亡是完全不同的 。慢性鱼病死鱼时，鱼的体质一般较弱，胃中没有食物、活动迟缓、离群独游、喜在暗处活动 。这也与化学物急性中毒时鱼的行为反应完全不同 。
虽然有些寄生虫(鱼虱类)病会使鱼跳跃、冲撞，但毕竟比较少，而且也不会使鱼在短时间大批死亡 。
2.许多鱼病都有一定的选择性，如出血病主要是草鱼和青鱼、打印病主要是鳙鱼、尾柄病主要在鳗鲡和草鱼中发生，这与高毒性情况下化学物急性中毒没有明显的品种选择性是不同的，即使急性中毒死鱼有一定的品种选择性，与鱼病选择的品种也不相同 。
3.鱼病发生的季节一般是由春天开始，在夏季最为突出，因为夏季水温和气温比较高，细菌等病原体容易繁殖，这一点与化学物中毒没有季节的限制是不相同的 。
4.许多鱼病有其特征的病症，如草鱼出血病，在鱼的头部、鳍条、内脏明显出血；打印病在鱼体表某部位呈圆形或椭圆形红色印记；碘泡虫病则在鱼体表布有胞囊；由溶血性嗜水气单胞菌引起的暴发性鱼病时鱼的眼眶、鳃盖表皮、体表、鳍、肌肉充血，病鱼腹水、肠充血、部分肠内含黄色黏液、肝脾充血或坏死等，化学物中毒的形态改变与鱼病的形态改变有许多地方是不同的，但也有些相近，应仔细观察分析 。
5.生病死亡的鱼，体表和鳃部一般不存在附着物，有些病会使鱼鳃部腐烂，且有一些腐臭之味，但这与化学物中毒时的附着物及其特有的毒物气味是有明显的区别 。
6.发生鱼病死鱼时，一般来讲水中的浮游动物、浮游植物、水生植物和龟、蛇、蛙、螺等水生动物不会受到明显损害，数量不会明显减少，这与化学物急性中毒会使其他水生动植物大批死亡数量、品种明显减少完全不同 。
7.细菌性和寄生虫性鱼病可以通过目检或镜检在鱼的体表、鳃部、内脏、血液中检出病原体 。如碘泡虫病，取鱼体表胞囊，在显微镜下可见到大量碘泡虫孢子；目前流行的暴发性鱼病，可取死鱼肝、肾等内脏经培养观察到溶血性嗜水气单胞菌，这在化学物中毒死鱼的鱼体上是不可能观察到的，这也是两者最大的区别 。
8.由于细菌、病毒等病原体通过水体、饵料、苗种等环节的传染，使得鱼病常有流行发生的趋势，即同一类型的鱼病可能在相当大范围内发生，这与化学物中毒死鱼的有限范围，孤立发生是不同的 。
9.鱼病死鱼水体的溶解氧、pH值、水色、气味的改变不明显，水体可能会呈现富营养化的状况，如氨氮和亚硝酸盐含量可能较高 。
10.取发生病害死鱼的水，放入健康的鱼，细菌性、病毒性和寄生虫性的疾病都不可能使这些健康的鱼在很短的时间内发病而大批死亡，一般来讲，严重的病毒和细菌使鱼发病而死亡也需要约一周的时间，这与化学物急性中毒无论是否健康鱼都会发生中毒反应是不同的 。
三、有毒藻类死鱼与化学物中毒死鱼的差异
1.有毒藻类死鱼是由于水体中毒藻所致，目前我国常见致鱼死亡的毒藻有铜绿微囊藻、水花微囊藻、甲藻属、裸甲藻属、舞三毛金藻，小三毛金藻等，由于这些有毒藻类的品种在水中大量繁殖成为优势种，其他藻类品种明显减少 。而化学物中毒死鱼时一般不会使藻类品种数量发生明显变化，虽然重金属和杀藻剂会使藻类品种数量减少甚至基本消失，但不存在优势种 。
2.由于有毒优势种大量繁殖，使得光合作用增强，吸收大量二氧化碳，使水体pH增加，甚至pH＞9，所以水体易呈碱性，而这些藻类又适合于水体呈碱性的环境中生存和繁殖，这也是有毒藻死鱼水质的一个特征 。
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