农业土地使用权作价入股的登记流程是：
1、注册资本中以土地使用权出资的，公司章程应当就土地使用权出资事宜做出规定 。
2、其次，委托具有相关资质的评估公司评估土地使用权的价值 。评估之后，才有可能确定自己的股份大小 。
【农业土地使用权作价入股如何登记】3、接着，要将土地使用权过户登记于公司的名下 。
4、而且要注意非货币财产的比例问题 。
【法律依据】
《公司法》第二十七条规定：“对作为出资的非货币财产应当评估作价，核实财产，不得高估或者低估作价 。法律、行政法规对评估作价有规定的，从其规定” 。
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