从总体上看，自治州体制与地区（盟）体制有相似之处，区别是自治州是一级政府，而地区是省或自治区的派出机构 。自治州体制与地级市体制相比较，却有着很大的不足之处 。自治州与地级市同属地级行政区，而由于许多法律法规都没有赋予与地级市同等的权力，使得自治州行政机关不能享受与地级市同等的职权 。例如：在管辖范围上，地级市一般管辖区、县、自治县、旗、自治旗，代管县级市；而自治州下管辖的县级行政区只能为县、自治县、县级市 。与地级市相比，法律并未赋予自治州辖区的职能 。另外，国家许多专业性法律法规，都未规定自治州的有关权限，使自治州相对于地级市而言在许多职权职能上出现缺失 。如《中华人民共和国城乡规划法》、《城市规划编制办法》、《中华人民共和国城市房地产管理办法》、《中华人民共和国土地管理法实施条例》、《中华人民共和国城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》等法律法规，只对市、县做出相关规定，而遗漏了自治州，直接导致自治州在规划审批、土地管理、矿权设置等方面不具有与地级市同等职权 。自治州政府在机构设施上也不能如地级市一样设置规划局、城市管理局等部门，统筹推进全州城镇化进程困难较大 。
（二）自治州的管辖内没有地级城市建制，不利于打造区域性中心城市 。目前全国30个自治州中州政府驻地的县、市很多都存在着区域面积小、功能层次低、城市建设滞后、资源配置不合理等状况，辐射带动作用有限 。1993年5月国务院批转了《民政部关于调整设市标准的报告》(国发[1993]38号)，1999年民政部根据中发[1999]2号文件精神下发了《民政部关于调整地区建制有关问题的通知》(民发[1999]105号)，两份文件对县级市升格为地级市和撤地设市的标准做了规定 。然而自治州范围内，实行州管县(市)的模式，即使自治州下辖的县级市达到了地级市的标准，由于自治州与地级市平级，它们也不能升格为地级市 。同时，自治州不在调整地区建制、撤地设市的政策范围内，自治州无法改为地级市 。这样就形成自治州缺乏地级市行政体制，没有地级市建制享有的完全经济、行政管理的权利，直接影响了自治州内区域性中心城市培育和发展，影响了自治州的城镇化进程和产业结构调整 。
（三）自治州行政权较弱 。自治区、自治州、自治县都是我国少数民族地方，实行民族区域自治法管理本民族事务，然而与自治区、自治县相比，自治州的权力实际并未得到落实 。自治州是处于省级和县级的中间层级，起着承上启下的作用，州级政府主要以号召、发动和推动为主，并无实际操作权，其管理审批权、财政支配权和立法权等都不同程度被弱化 。州本级政府机关没有具体的行政地域和行政对象，州政府与驻地市政府机构重叠，州府驻地城市的各种行政管理职能由市直机关行使，但在实际中容易造成城市建设和管理服务的错位缺位，也容易造成权责难分、推诿扯皮、资源浪费等现象 。同时，近年来大力推行的扩权强县和省直管县试点，一方面使自治州驻地市享有部分州级政府的经济社会管理权限，另一方面部分县的管理权限得到增强，导致自治州的行政管理权削弱 。未来国家的行政管理体制还将逐步减少中间层级，向“扁平化”方向发展 。如果省直管县体制全面实施后，自治州将处于两难境地 。一方面是自治州将有名无实，只有自治州的国家机关，完全没有实际管辖地域；另一方面如果省直管县、市体制不覆盖自治州，其管辖内的县、市将会“不服”或申请由省直管，造成行政管辖上的矛盾或新的行政管辖问题 。
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